Тартуский университет — единственный университет Балтии, который входит в Сoimbra Group (Коимбрскую группу) — объединение старейших университетов, пользующихся признанием во всем мире.
Высокий уровень признания этого эстонского университета обусловлен качеством преподавания, участием в жизни многих международных сообществ и интенсивной исследовательской работе. Тартурский университет принимает активное участие в работе 6 научных центров из 7 существующих в Эстонии, возглавляя 4 из них. Также он следует Болонской системе и обладает двусторонними соглашениями о сотрудничестве c 48 университетами из 19 стран мира.
C 1999 года Тартурский университет является членом европейского образовательного объединения «Сократес» и участником программы развития высшего образования «Эразмус», в рамках которых подписано около 600 договоров о сотрудничестве с более чем 350 университетами Европы.